Im Jahr 1905 zog die Familie von Leipzig nach Berlin. Das Musikhaus in der Potsdamer Straße wurde nach der Inflation aufgegeben, das Notenlager in Steglitz wurde 1943 ausgebombt.
Für die katholisch-apostolischen Gemeinden übernahm Hermann Protze die Bearbeitung und Herausgabe liturgischer Musikliteratur ("Neues Cantionale") und weiterer kirchenmusikalischer Werke, wie z.B. eines Choralbuchs zum [[Hymnologium]]. Einige seiner Werke finden sich mit ausdrücklicher Abdruckgenehmigung von Hermann Protze auch in der alten Berliner Chormappe der Neuapostolischen Kirche.
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