Er wurde von seinem Vorgesetzten für seine Sympathien für [[Edward Irving]] kritisiert und 1829 abgesetzt.
Danach versammelte er sich mit seiner Gemeinde in der „Salem Chapel“ in [[Bishopsgate]]. Dort kam es in seiner Kirche 1833 zu [[Prophetie|Prophezeiungen]].
Miller war nun darauf angewiesen, mit seinen Freunden zusammen zu arbeiten, dem Prädikanten der Kirche von England [[Nicholas Armstrong]] in der Reformationsgesellschaft und Edward Irving, der auch gerade aus der schottischen Kirche ausgeschlossen worden war.